Nas últimas décadas, com a melhora da definição das imagens de ultrassonografia realizadas no pré natal, tornou-se possível saber durante a gestação se o bebê vai nascer com uma fissura labiopalatina. No entanto, pesquisas mostram que no Brasil pouco mais de 20% dos bebês que nascem com fissura labiopalatina tiveram seu diagnóstico realizado durante o período gestacional. Destes, a quase totalidade dos casos refere-se à presença de fissura labial, que pode ou não estar associada à fissura palatina. A fissura palatina, quando isolada, raramente é diagnosticada antes do nascimento do bebê. Há muitos casos, inclusive, em que este tipo de fissura só é percebida após alguns dias do nascimento, diante das dificuldades alimentares apresentadas pelo bebê.
Apesar da preocupação e ansiedade que o diagnóstico precoce pode gerar durante a gestação, mães tiveram filhos com fissura relatam que se pudessem optar, prefeririam ter tido o diagnóstico no período pré-natal.
Frente ao diagnóstico de uma fissura labiopalatina, recomenda-se fazer o quanto antes o encaminhamento da gestante para serviços ou profissionais especializados. O acolhimento, orientações e apoio emocional fornecidos por profissionais experientes na área, ajudam a minimizar o impacto que o diagnóstico de uma malformação causa na família, facilitam a aceitação e preparam a família para os primeiros cuidados com o bebê. Propor contato com outras mães e crianças com fissura também podem ser importantes nesta fase.
Além disso, com o diagnóstico pré-natal a equipe da maternidade fica preparada para atender o bebê com fissura, o que costuma diminuir a indicação desnecessária de sondas alimentadoras. Observa-se também que quando o diagnóstico é realizado ainda durante a gestação, o bebê chega mais precocemente aos serviços especializados e costumam aderir melhor aos protocolos de tratamento.